W ZAK S.A. funkcjonuje system zarządzania oparty na koncepcji centrów odpowiedzialności. Wprowadzenie centrów odpowiedzialności z adekwatnym rachunkiem odpowiedzialności daje zarządzającym na szczeblu strategicznym czytelny obraz sytuacji ekonomicznej przedsiębiorstwa, stopnia wykorzystania posiadanego potencjału oraz umożliwia ocenę efektywności poszczególnych obszarów.

W strukturze organizacyjnej Spółki wyodrębniono trzy poziomy:

Poziom podstawowy tworzą domeny produkcyjno-handlowe, które funkcjonują jako wyodrębnione jednostki biznesowe (JB). Są to:

Rynkowa orientacja poszczególnych jednostek biznesowych, większa elastyczność działania oraz ukierunkowanie na - specyficznego dla rynku danego produktu - Klienta sprzyja lepszemu rozpoznaniu i zaspokojeniu jego potrzeb.
Jednostki organizacyjne, koordynujące prace całego przedsiębiorstwa i wspomagające Zarząd Spółki, skupiono na poziomie strategicznym.
Służby pomocnicze zgrupowano natomiast w Jednostce Usług Laboratoryjnych, Jednostce Usługowej oraz spółkach zależnych, stanowiących poziom usługowy.